Мне кажется, что речь идёт о другом

в большинстве своём ---> по своей натуре (по своей природе)

Я вкладывал в это смысл "по большей части", то есть как раз по натуре.

http://dic.academic.ru/dic.nsf/.../321141/%D0%B2

"В большинстве своём люди" действительно читается как "большая часть людей", а это совсем другой смысл.
Как вариант: в сущности люди хорошие. ?

Я думал, это вполне обычный пример ambiguous.

Не знаю, я "в большинстве своём" однозначно воспринимаю.

Может, отдельно добавить?

В сущности?

Да, я там с запятой не уверен, считается это вводным выражением или нет.

Нужна.
http://www.evartist.narod.ru/text1/47.htm
§99. Вводные слова и словосочетания

Хотя интуитивно я бы не поставила.

Мне кажется, что без запятой тоже можно.

Всё-таки разные вещи, если сравнить:
Люди в сущности (по своей сути) хорошие
и
Люди, в сущности, (по сути говоря) хорошие.

Согласна.
1) вводные слова, выражающие оценку говорящим степени достоверности сообщаемого (уверенность, предположение, возможность, неуверенность и т.п.):

А в данном случае "в сущности" не оценка.