
「彼等がいないのを」は不要でしょう。他にもいくらか手直しできるかもしれません。

「彼女は子供達が東京に行ってしまったのでとても寂しい(気持ちだ)」
これはどうでしょうか?

他人のことなら「メアリーは寂しい」と言うより「メアリーは寂しがっている」と言った方がいいかもしれません。
あとこの文は「さみしい」という表記を使った貴重な例なので(ぼくが1つ http://tatoeba.org/eng/sentences/show/2472723 加えましたが)、そこは不必要に変えない方がいいかもしれません。

「寂しがっている」だと、「寂しいよ~会いたいよ~」と、なんだかとても能動的な印象を受けます。
「さみしい思いでいる」というのはどうでしょう。こちらは子供たちの写真を見て「元気かしら・・・子供たちがいないとこの家の活気がないわ」と思いにふける感じがします。

前者が英文に合わないかどうかはちょっとよく分かりませんが、「さみしい思いでいる」でも問題ないだろうと思います。