Die in Deutschland übliche Schreibweise ist "Tokio".

Das ist inkonsequent und nicht zu empfehlen, weil man dann auch alle anderen Städte deutsch transkribieren müßte, was man aber nicht tut (mit Ausnahme von Kyōto vielleicht). Üblich und zu empfehlen ist die Transkription nach Hepburn, die auch genau die Aussprache zeigt.

Geehrtes und gelehrtes Pfirsichbäumchen. Gern stimme ich dir zu, jedoch mit der Ausnahme einiger weltweit bekannter und häufig gebrauchter Städte, wie Berlin, Rom, Warschau, Peking oder Tokio. Wenn auch indem von dir erklärten Sinne Roma, Warszawa, Běijīng und Tōkyō konsequent(er) sind, wird doch allenthalben eine der jeweiligen Nationalsprache angepasste Form verwendet, da diese Namen als Wörter dieser Sprache angesehen werden. Und so mag es dann auch in Ordnung sein wenn Berlin in Italien Berlino und Wien Vienna ist, oder anders gesehen: ich glaube kaum das wir daran etwas ändern können und müssen. Bei allen anderen (weniger gebräulichen) Ortsnamen sollte möglichst nur eine Form, nach Möglichkeit die originale oder eine offiziell bzw. einheitlich vereinbart transkribierte Form, Verwendung finden, schon wegen der Wiedererkennbarkeit und Auffindbarkeit.