Это наверно просто вопрос интонации, но для меня это звучит больше как "разве ты не шпион?"

Сомневаюсь. "Разве" было бы 难道你是..

а 吧 показывает утверждение предполагаемого факта 你不是奸细

Да, 吧 показывает утверждение, но оно также и может показывать напоминание. Правда, в таком случае обычно не ставится вопросительный знак. Я наверно слишком думал о 你不是奸细吗？ когда написал первой комментарий. Но мне всё равно кажется, что если поставить интонацию на 吧, то получится значение "разве ты не...", а если на 不是, то получится ваше. Возможно, что ошибаюсь, но мой инстинкт мне говорит это.

По другой теме:

难道你是……？ я бы перевёл как "неужели ты...?", а "разве ты не...?" как 你不是……吗？, но это наверно будет зависеть от контекста.

Действительно, контекст решает очень многое. Отмечу только, что 你不是……吗？само по себе, кмк, не содержит утверждения, тянущего на "разве". Сильно влияет то, что слово "шпион" трудно представить в нейтральном контексте))

你不是北京人吗？不是也罢 ：）

Хмм... дай-ка я придумаю пример:

A: 麻烦你告诉我，这个手枪是怎么用呢？
B: 难道你没用过？
A: 没有……
B: 你不是奸细吗？

Всё-таки не согласен с вами насчёт "разве" (например, по-моему, 今天不是星期一吗？ = Разве сегодня не понедельник?), но ладно, неважно.

Согласен вполне. Но "разве" тут тоже порождается контекстом - хотя, согласен вполне, подразумевается в любом сдивге точки зрения ("Я думал, А. Разве не А? Ну ладно, Б")