когда двигатель не хочет заводиться это можно понять, но когда корабль не хочет плыть это странно. может не в состоянии?

Я думаю, это что-то вроде скороговорки, главное, чтобы было трудно произнести, а что конкретно имеется в виду, не так важно.

На итальянском может и так, на русском это не тянет на скороговорку.

На русском не тянет, конечно. Я к тому, что вряд ли возможно точно сказать, что имеется в виду под "не хочет плыть".
Может, у него двигатель не заводится?

корабль-то может плыть и дрейфуя, тут нельзя сказать "не хочет", я бы сказал "не может"

"Navigare" как раз таки "перемещаться по поверхности воды", или даже "держать определенный курс", а не "держаться на поверхности воды". То есть, даже если он и дрейфует, то плыть в том смысле, что в оригинале, он все равно не может.

Аналогично "машина не хочет ехать" (то есть, не может).

С машиной всё понятно, а вот когда корабль не хочет плыть, мне на ум приходит бунт экипажа, что странно в этом контексте.

Мне такое вообще в голову не приходило...

У кого еще какие мысли будут?

Если в итальянском написано "не хочет", то ничего страшного, если и в русском будет то же самое. На мой взгляд, нормально воспринимается.

@Biga
Так и написано.
Я думаю, в нем тоже нет особой определенности - не хочет и все.