что у него нет времени? (согласование времён)

обед ? ?

+1
нет времени / ему некогда готовить

Ссылаясь на грамматику, вы все время главное слово забываете почему-то. Согласование происходит, если два действия произошли в прошлом >ОДНОВРЕМЕННО<. В данном случае действия произошли в разной последовательности, сначала он не приготовил и остался голодным (вот кста вариант "он сказал, что голоден" правильный, потому что и был голоден, и сказал он одновременно), потом пришел и поведал свою печаль. А перфект тут не используется лишь потому, что по правилам английской грамматики перфект вообще не используется при повествовании, то есть при перечислении действий. Поэтому на английском всё всегда в симпле стоит независимо от последовательности действий.

> сначала он не приготовил и остался голодным
> (вот кста вариант "он сказал, что голоден" правильный,
> потому что и был голоден, и сказал он одновременно),
> потом пришел и поведал свою печаль.

В этом случае было бы he hadn’t had enough time. Согласование времён происходит в любом случае, если в главном предложении глагол в прошедшем времени. Здесь же Том говорит, что ему всегда/обычно/сейчас некогда готовить.

Почитайте повнимательнее:
http://www.alleng.ru/mybook/3gram/6verb_24.htm

Почему же не одновременно?
Tom says that he hasn't enough time to make his own lunch.
Том говорит, что у него нет времени готовить себе обед.
Tom said that he didn't have enough time to make his own lunch.
Том сказал, что у него нет времени готовить себе обед.

А вот последовательность:
Tom says that he didn't have enough time to make his own lunch.
Том говорит, что у него не было времени приготовить себе обед.
Tom said that he hadn't had enough time to make his own lunch.
Том сказал, что у него не было времени приготовить себе обед.

Ну вот, например:
http://www.espressoenglish.net/...glish-grammar/
I told my boss that I hadn’t had enough time to finish the project.

Конечно, изредка согласование времён даже в английском может не соблюдаться:

However it is also possible to use the natural sequence even if the main verb is past or conditional:

Batman said that he needs a special key for the Batmobile.

This option is more likely to be used when the circumstance being expressed remains equally true now as it did when the speech act took place, and especially if the person reporting the words agrees that they are true or valid.
https://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_of_tenses

, но вряд ли у нас этот случай, согласитесь.

То, что чем более неформален английский, тем больше вероятность, что плюсквамперфект будет попросту игнорироваться - это таки сейчас реальность.
Но всё же, возможно, лучше держаться классически строгого разделения, чтобы не запутаться в лишний раз удвоенных вариантах.

Во всяком случае, в реалиях современного английского это более не является ошибкой, поэтому насильно менять предложение не стоит.